Không giống như loài thuộc chi mình, N. albigularis, xương sọ của sọ được nối chủ yếu với xương hàm trên, không bằng xương hàm trên và mặt trước. Cái lỗ thủng trong vòm miệng giữa răng cửa và răng hàm, ngắn hơn một số loài thuộc chi Nephelomys khác, không trải dài giữa răng hàm và gần răng hàm răng rộng hơn so với trước, cũng không giống như ở một số loài khác của chi này. Những lỗ này có hình dạng tương tự như ở N. nimbosus. Phần mở rộng của xương hộp sọ, tách hai lỗ hổng trong hộp sọ, tai xoắn ốc mặc dù nó thường vắng bóng ở các loài thuộc chi Nephelomy khác.